23 июля 1930 г. Центральный исполнительный комитет и Совет народных комиссаров СССР постановили реорганизовать высшую школу по отраслевому принципу. Технические учебные заведения передавались в ведение отраслевых хозяйственных объединений и соответствующих наркоматов. В ведении Наркомпроса были оставлены университеты, педагогические и художественные вузы.
Руководство Томского университета провело реорганизацию университета в следующем виде: медицинский факультет выделился в самостоятельный вуз и стал с 1931 г. называться Томским медицинским институтом; химическое отделение Томского университета слилось с химическим факультетом Томского технологического института, образовав новый технический вуз, который стал называться Сибирским химико-технологическим институтом; геологическое отделение Томского университета слилось с горным факультетом Томского технологического института, образовав отраслевой вуз под названием Сибирский геологоразведочный институт. В результате ценное оборудование физико-математического факультета, с большим трудом приобретенное в 1925–1927 гг., было разделено между тремя новыми вузами. Эти вузы заняли значительную часть учебных помещений Томского университета.
В главном корпусе размещались три вуза: университет, медицинский институт и геологоразведочный институт. К началу 1930/1931 уч. года университеты были вновь переведены на факультетскую систему. Сибирский геологоразведочный институт и Сибирский химико-технологический институт стали факультетами Томского индустриального института, но оборудование, полученное от университета, так и не было ему возвращено.
